企便函[2009]33號文明確：本次企業(yè)自查調增的應納稅所得額可以彌補以前年度虧損，調減的應納稅所得額，若有多繳所得稅的則暫不辦理退稅，抵減以后年度應納稅額。這里需要注意兩個問題：

1、關于企業(yè)自查調增的應納稅所得額可以彌補以前年度虧損。國稅發(fā)[1997]181號文《關于企業(yè)所得稅若干業(yè)務問題的通知》曾規(guī)定，納稅人查增的所得額不得用于彌補以前年度的虧損。該規(guī)定是指企業(yè)納稅人進行匯算清繳后，稅務機關檢查調增的應納稅所得額，而不包括納稅人根據有關規(guī)范性文件自行調整的數(shù)額，而且本次企業(yè)自查調增的是本年度而非以前年度應納稅所得額，因此可以彌補以前年度虧損。當然這里還應注意企業(yè)所得稅法第十八條的規(guī)定，即企業(yè)納稅年度發(fā)生的虧損，準予向以后年度結轉，用以后年度的所得彌補，但結轉年限最長不得超過五年。

2、關于調減應納稅所得額涉及多繳所得稅的處理。根據《稅收征收管理法》第五十一條規(guī)定，納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發(fā)現(xiàn)后應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發(fā)現(xiàn)的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實后應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規(guī)有關國庫管理的法規(guī)退還。國稅發(fā)[2009]79號《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》第十一條也規(guī)定，納稅人在納稅年度內預繳企業(yè)所得稅稅款少于應繳企業(yè)所得稅稅款的，應在匯算清繳期內結清應補繳的企業(yè)所得稅稅款；預繳稅款超過應納稅款的，主管稅務機關應及時按有關規(guī)定辦理退稅，或者經納稅人同意后抵繳其下一年度應繳企業(yè)所得稅稅款。企便函[2009]33號文關于調減應納稅所得額涉及多繳所得稅的處理與上述文件并不完全符合。當然，企便函[2009]33號文只是國家稅務總局大企業(yè)司針對最近部分定點聯(lián)系企業(yè)稅收自查工作過程中反映出的有關問題適用稅收政策的回復，并不普通適用納稅人，因此本條規(guī)定應僅適用于此次自查所涉及的企業(yè)。